Ну вот както так(шутка канешно). Графика на сборочном чертеже платы некоторых элементов возможно будет отличаться от графики элемента в слое шелкографии, поэтому координаты десигнатора могут быть смещены, или же к примеру десигнатор шелкографии был перемещен подальше от элемента из за того что ...

Ну как это зачем на этот слой передавать десигнаторы чтобы при монтаже не спрашивали какой из двух стоящих рядом конденсаторов С2 а какой С1. И Через Comment конечно можно но оно у меня используется под другие цели в нем полное описание компонента храниться. Есть еще вариант выделить все в PCB ...

Да все правильно я в элементе на слое Top Assay рисую графику для того чтобы потом можно было делать сборочный чертеж.

А вот по поводу включить их потом на плате чтобы в библиотеке не делать я както не понял можно пожалуйста по подробней, ато что то я не пойму как я потом на плате могу включить что ...

Вопрос о создании футпринта. В редакторе PcbLib делаем Place->String потом жмем свойства и полю Text ставим значение .Designator. Делаем все в слое Top Assay. Текст по сравнению с самим футпринтом получается очень большой поэтому когда происходить автопанаромирование чип резистор на фоне надписи ...