Еще у них есть скрипты для Eagle.
Никогда не делал герберы, потому пару возможно дурацких вопросов:

1. Это нормально, что на выходе в файле с основными слоями вообще нет отверстий для выводных компонентов?
2. Как обрабатываются переходные отверстия? У меня видны только в файле сверловки. Оно автоматом поймет что надо сделать металлизацию ?